Программу Vector Nti
Все сборник музыки fantastic dance. Сервисную программу «РеалБест диагностика». Лиз с помощью программ «Vector NTI v 8.0» [19]. Цель исследования. Изучить молекулярно-биологические и метаболические свойства. Пользователям Vector NTI imbg July 4th.
В данном разделе представлена методика ПЦР-анализа региона плазмиды ColE1. Работы по амплификации и анализу результатов выполняем в следующей последовательности:. Выбираем регион для амплификации;. Настраиваем параметры ПЦР симулятора;. Выполняем ПЦР анализ, выбираем праймер;.
Анализируем праймер;. Проводим ПЦР с выбранным праймером;. Инспектируем результаты амплификации;. Записываем результаты в базу данных;. Настраиваем представление результатов амплификации. Итак, приступим.
Запустим программу Vector NTI, Database Explorer откроется автоматически, если этого не происходит, его можно вызвать из панели инструментов, нажав на соответствующую пикторграмму. В Database Explorer откроем раздел базы данных, содержащий информацию по DNA/RNA молекулам (DNA/RNA Molecules (MAIN)), найдем строку с описанием ColE1 и откроем это описание (двойной клик вызовет Molecule Display window с информацией о плазмидной DNA).
Выберем регион для амплификации. Кликнем мышкой в любом месте графической части Molecule Display window, описывающей ColE1. Эта часть окна станет активной. Теперь необходимо выделить регион 5200 – 6400.
Выделение можно выполнить различными способами, например, открыть меню Edit и выбрать команду Set Selection. Далее, в появившемся окне задать границы фрагмента. Это окно можно вызвать также комбинацией клавиш Ctrl+G. Настроим параметры ПЦР-симулятора.
Для того, чтобы подготовится к проведению реакции необходимо открыть меню Analyze и выбрать команду Primers. В результате появится диалоговое окно PCR Analysis: Диалоговое окно позволяет сделать следующее:. Автоматически подобрать соответствующие праймеры;. Задать праймеры собственноручно;. Добавить к 5’ или 3‘ концу продукта реакции короткую последовательность (не более 18 нп);. Сформулировать требования к гомологии праймера (Для определения требований к гомологии праймера необходимо нажать на клавишу Primer Homology, а в шестойверсии программы – Primer Similarity);. Задать биохимические и структурные параметры праймеров;.
Определить требования к качеству праймеров. Основные параметры праймера задаются в диалоговом окне Primer/Oligo Parameters. К этому окну можно перейти, нажав на клавишу Primer Parameters.
Обилие параметров, в которых на первый взгляд легко запутаться, компенсируется возможностью вызвать подсказку, нажав на клавишу F1. Кроме гомологии, структурных и биохимических параметров праймера можно задать требования к его качеству, для этого также предусмотрена отдельная диалоговая панель и соответствующая клавиша. Для описания качества праймеров введен целочисленный показатель значимости параметров (от 1 до 10, 10-максимальная значимость).
Однако, оставим все параметры без изменений. Выполним ПЦР анализ.
Если нажать на клавишу ОК в диалоговом окне Analysis, окно закроется, после чего Vector NTI запустит процедуру ПЦР-анализа. В текстовой части ColE1 Display window будет сформирована новая папка с результатами анализа. Посмотрим что в папке.
Папка с результатами ПЦР-анализа содержит несколько подпапок, каждая из которых описывает один возможный вариант для амплификации фрагмента, длина которого находится в заданных нами пределах. Подпапки расположены в порядке убывания рейтинга (т.е. Верхний вариант наиболее оптимален), а если рейтинг одинаков для всех вариантов, то в порядке возрастания длины фрагмента.
Программу Vector Nti Download
Рейтинг рассчитывается на основе значимости параметров качества. В названии каждой подпапки находится номер варианта, длина и рейтинг продуктов реакции. Максимальный рейтинг – 171.
Запишем результаты реакции в базу данных. Предположим, что долгожданным продуктом нашей реакции является вариант с номером #1 (длиной 912 нп). Кликнем правой клавишей мышки на названии продукта и в открывшемся меню выберем команду Save to Database and Create Window. Откроется диалоговое окно, в котором следует ввести информацию о новой молекуле.
На вкладке General в поле введем название продукта 'My product 1', затем нажмем клавишу ОК. В результате получим Molecule Display Window с информацией о нашей молекуле.
Оформляем результаты. Сделаем активной текстовую панель Molecule Display Window. Кликнем на пиктограмме Link Panes (см. Рисунок выше). Учитывая, что все папки текстовой панели свернут, вся информация, представленная на графической панели будет скрыта. Теперь последовательно открывая папки текстовой панели, будем 'высвечивать' те или иные параметры на графическом изображении молекулы. Активируем графическую панель.
Оперируя пиктограммами Standard Arrangement, Zoom In, Zoom Out можно добиться желаемой детальности изображения. Хорошие результаты получаются при масштабировании изображения (с помощью пиктограмм) при нажатой клавише Ctrl. Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте.